PHPMysqlAdminでデータインポート時にタイムアウトエラー発生および解決方法 | 古松 | 情報システムにプロのサポート

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Mysql5.6、PHP5.6、Apache2.4 

phpのコード実行時間制限(初期値：30)を拡大することも一つ解決方法です

max_execution_time=600

また、Apacheのタイムアウト設定（httpd.conf または httpd-default.conf）もあるので、同じ時間にしたほうが良いでしょう

Timeout = 600