mysqlでの50音順ソート（濁音・半濁音など） 以下の様なテーブル… - 人力検索はてな

http://q.hatena.ne.jp/1410397790

COLLATE 節を使うと、以下のように書けます。

SELECT kana

    FROM table_name

    ORDER BY kana COLLATE utf8_unicode_ci;

COLLATE 節についての、MySQL のマニュアルは、こちらです。

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/charset-collate.html

ただ、質問に書いてある内容だけではなくて、「シ」と「ジ」だけではなく「し」や「じ」も順序が同一視されます。

http://d.hatena.ne.jp/end0tknr/20100613/1276427626

もし、カタカナの読みしか入らない、というカラムだったら、COLLATE utf8_unicode_ci が使えると思います。