Gitで差分ファイルを出力するバッチファイルは以下がエラーが出ずよかったです。
SourceTree(Windows環境)でコミット間の差分ファイルを出力する | Tips Note by TAM
http://www.tam-tam.co.jp/tipsnote/program/post7435.html
他にも探すとありますが、ファイルが削除されていたりリビジョンが違うとエラーなってしまうものがありました。
追記
英語環境のWindows10で上記バッチファイルを使用したら、フォルダ名・ファイル名がおかしくなってしまいました。少し調べたところ、Windowsの時間設定が米国式になっていたので、日本式に修正したらOKでした。
参考
http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/0405/01/news002.html
追記
英語環境のWindows10で上記バッチファイルを使用したら、フォルダ名・ファイル名がおかしくなってしまいました。少し調べたところ、Windowsの時間設定が米国式になっていたので、日本式に修正したらOKでした。
参考
http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/0405/01/news002.html
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